1895 წლის 17 ივნისს რუსეთის იმპერატორმა ქუთაისის სამხედრო გუბერნატორს ნება დართო, შექმნილიყო ფოთის საკათედრო ტაძრის მშენებლობის განსაკუთრებული კომიტეტი, რომლის ხელმძღვანელობა დაევალა ნიკო ნიკოლაძეს, რომელსაც განუზრახავს ქართული არქიტექტურული სტილის ტაძრის აგება, სათანადო პროექტიც შექმნილა, მაგრამ როგორც ირკვევა იგი რუსულმა მმართველობამ დაიწუნა, შემდგომ კი არქიტექტორების ზელენკოსა და მარფელდის მიერ შემუშავებულ იქნა ახალი პროექტი კონსტანტინეპოლში არსებული წმ. სოფიას ტაძრის მიხედვით. იგი წარმოადგენდა თითქმის მის ზუსტ ასლს, შემცირებული მასშტაბით. ტაძარი 2000 მლოცველზე იყო გათვალისწინებული.

1906 წლის 14 სექტემბერს, ჯვართამაღლების დღესასწაულზე, გურია-სამეგრელოს ეპისკოპოსმა გიორგიმ (ალადაშვილი) ტაძრის საძირკველი საზეიმო ვითარებაში აკურთხა. 1907 წლის 22 მაისს, ტაძრის გუმბათზე ჯვარი აღუმართავთ. მისი მშენებლობა მიმდინარეობდა რვა თვის განმავლობაში – საკათედრო ტაძარს სამი ტრაპეზი ჰქონია, კანკელის ხატების ავტორია რუსეთის საიმპერატორო აკადემიის მხატვარი დუმიტრაშკო, რომელიც დასრულებულია 1908 წელს. კანკელის ჩრდილოეთის მხარის ხატები შესრულებული იყო ბერძნულ-ბიზანტიურ, სამხრეთი –ქართულ-ბიზანტიურ, ხოლო საშუალო რუსულ-ბიზანტიურ სტილში. ამ ხატებს შორის ორი წმ. ნინოსი და წმ. მეფე დავით აღმაშენებლისა იყო. 1932 წელს ქალაქ ფოთის კომუნისტურმა ხელისუფლებამ საკათედრო ტაძრის თეატრად გადაკეთების გადაწყვეტილება მიიღო.

2005 წლის ნოემბერში საქართველოს პრეზიდენტმა მიხეილ სააკაშვილმა ტაძრის გასაღები სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქს ილია II-ს გადასცა.